Sau khi thủ phủ di dời, các lời đề nghị đầy tranh cãi về việc chia tách lãnh thổ thành hai miền trở nên lan rộng. Năm 1887, Lãnh thổ Idaho gần như bị xóa sổ nhưng vì nghe theo lời của thống đốc Edward A. Stevenson mà tổng thống Grover Cleveland từ chối ký đạo luật chia tách lãnh thổ thành hai phần, phía bắc giao cho Lãnh thổ Washington và phía nam giao cho Nevada.

Năm 1889, Đại học Idaho được phép xây dựng tại thị trấn ở miền bắc là Moscow thay vì vị trí như ban đầu hoạch định là tại Eagle Rock (hiện nay là Idaho Falls) ở miền nam. Sự kiện này phục vụ như để làm dịu bớt cảm giác khó chịu của các cư dân Bắc Idaho vì đã mất đi thủ phủ tại miền Bắc.

Lãnh thổ được phép gia nhập liên bang để trở thành tiểu bang Idaho vào ngày 3 tháng 7 năm 1890.